Initiation à l’analyse de données de type RAD par le pipeline Stacks sous la plateforme web d’analyse de données Galaxy

Lieu : IRISA
Dates : en fonction des demandes
Intervenant : Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud

Inscription

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Présentation

Cette formation initie l’utilisation de Stacks dans l’environnement Galaxy.
En se basant sur une plateforme web, comme c’est la cas avec Mobyle, nous proposons une nouvelle utilisation de Stacks pour rendre l’analyse biologique plus aisée pour les non- informaticiens.

Objectifs 

Principe de l’analyse de données RAD-seq via Stacks.

Organisation pédagogique 

La formation comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques.

Le programme :
1/ Présentation théorique du fonctionnement global de Stacks. Compter 1h
2/ Analyse de données RAD avec Stacks sous Galaxy. 3h
a) cartographie génétique
b) génomique des populations
c) assemblage de données pairées

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes et bio-informaticiens souhaitant analyser des données de type RAD-seq dans le portail web Galaxy.

Pré-requis

Connaissance de la plateforme Galaxy. Le module « Initiation à la plateforme web d’analyse de données GALAXY : L’analyse de données biologiques pour tous! » peut être dispensée en amont.

Durée

4h00

 

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