Analyse de données RNAseq sous Galaxy

Lieu : IRISA
Dates : en fonction des demandes
Intervenant : Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud

Inscription

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Présentation

L’analyse des données biologiques nécessite de plus en plus l’utilisation de ressources et d’environnements informatiques difficiles à maîtriser pour le biologiste.
Cette formation présente et décompose l’utilisation de l’environnement Galaxy.
En se basant sur une plateforme web, comme c’est la cas avec Mobyle, cet environnement propose une nouvelle approche pour rendre l’analyse biologique plus aisée pour les non- informaticiens.

Objectifs 

Prise en main de l’environnement Galaxy et des différentes fonctionnalités proposées.

Organisation pédagogique 

La formation est exclusivement orientée pratique! Il s’agir d’utiliser des données de RNAseq fournies par l’UMR 0598 Agrocampus-Ouest / INRA pour utiliser les outils classiques d’analyse de données RNAseq (Tophat, flagstat, Cufflinks, Cuffcompare, Cuffdiff, ou htseq-count, Deseq…)

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes souhaitant s’initier à l’analyse de données RNAseq.

Pré-requis

Aucun.

Durée

1 journée incluant 3h d’initiation à Galaxy

 

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