Séminaire Fasteris/Illumina

Le groupe bio-informatique Symbiose de l’Irisa/Université de Rennes 1 (équipes Dyliss et GenScale, plate-forme GenOuest) propose, en partenariat avec la société Fasteris (Genève, Suisse), un séminaire consacrée aux aspects bio-informatiques du séquençage de nouvelle génération avec la technologie Illumina.

Cet atelier, combinant théorie puis pratique en fin de journée, permettra de mieux comprendre l’impact des choix techniques effectués lors de la phase de séquençage sur les traitements bio-informatiques.

Où ? à Rennes, Inria/Irisa (salle Turing)

Quand ? les jeudi 15 et vendredi 16 mars 2012

Goals:

Improve understanding and knowledge of Illumina sequencing pipeline from DNA/RNA samples to sequence files. It is intend for computer scientists and bioinformaticians that have basic biologic knowledge.

Topics:

 General biological overview

 Sample types

 Library constructs

 HiSeq Sequencing process

 

Day 1 : 15.03.2012

1- Introduction

 Presentation of Fasteris

 Biology overview (Organism, Cells, DNA/RNA and PCR Next-generation sequencing technologies)

2- Sample types and library preparation

 Genomic (Target enrichment (e.g. Exome capture), Mate pairs)

 mRNA-SEQ

 ChIP-SEQ

 smallRNA

3- Practical exercises

 

 

Day 2 : 16.03.2012

1- Sequencing

 Flow cell and DNA Colonies/Clusters  Sequencing chemistry  Image acquisition

2- Basecalling

 DNA colony detection

 Intensities

 Base quality values

 Quality controls

 

3- Post-processing

 Adapter trimming

 Diversity

4- Practical exercises

 

 

 

 

Inscriptions sur  http://registration.genouest.org

(La participation est gratuite, mais pour des raisons de logistique l’inscription est obligatoire.)

Perl avancé : Perl Objet et BioPerl

Lieu : IRISA
Dates : du 27 au 29 mars 2012
Intervenant : Fabrice Legeai

Objectifs 

Maîtriser les notions avancées de PERL pour le développement d’applications en bioinformatique.

Pré-requis

Connaissance de Perl ou avoir suivi le module « Introduction à Perl« .

Programme

Rappels de quelques notions indispensables: référence, hachage, modules.
- Notions de programmation orientée objet.
- PERL objet.
- BioPERL.
- Générer et utiliser un modèle objet à partir une bases de données avec Class::DBI.
- Manipuler des données NGS avec samtools et Bio::DB::Sam.

 

Plus d’informations et inscriptions sur le site de la formation continue de Rennes 1

Introduction au langage Perl

Lieu : IRISA

Dates : du 20 mars au 22 mars 2012

Intervenant : Fabrice Legeai

 

Objectifs :

Acquérir les notions de base de PERL pour développer des outils nécessaires à l’analyse et à l’automatisation de l’analyse des données biologiques.

Programme :

  •  Les bases de PERL.
  • Les expressions régulières.
  •  Les références.
  • Les fonctions.
  •  Bases de données et CGI.
  •  Les modules Perl.

 

Ce cours est suivi, pour ceux qui le souhaitent, par une session d’approfondissement.

Plus d’informations et inscriptions sur le site de la formation continue de Rennes 1