Initiation à la plateforme web GALAXY : L’analyse de données biologiques pour tous !

Lieu : IRISA
Dates : en fonction des demandes
Intervenant : Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud

Inscription

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Présentation

L’analyse des données biologiques nécessite de plus en plus l’utilisation de ressources et d’environnements informatiques difficiles à maîtriser pour le biologiste.
Cette formation présente et décompose l’utilisation de l’environnement Galaxy.
En se basant sur une plateforme web, comme c’est la cas avec Mobyle, cet environnement propose une nouvelle approche pour rendre l’analyse biologique plus aisée pour les non- informaticiens.

Objectifs 

Prise en main de l’environnement Galaxy et des différentes fonctionnalités proposées.

Organisation pédagogique 

La formation comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques complété par une rapide application sur la manipulation de données de régions génomiques.

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes et bio-informaticiens possédant des compétences en développement bio-informatique souhaitant intégrer des outils dans le portail web Galaxy.

Pré-requis

Aucun.

Durée

2h30

 

Perl avancé : Perl Objet et BioPerl

Lieu : IRISA
Dates : du 27 au 29 mars 2012
Intervenant : Fabrice Legeai

Objectifs 

Maîtriser les notions avancées de PERL pour le développement d’applications en bioinformatique.

Pré-requis

Connaissance de Perl ou avoir suivi le module « Introduction à Perl« .

Programme

Rappels de quelques notions indispensables: référence, hachage, modules.
- Notions de programmation orientée objet.
- PERL objet.
- BioPERL.
- Générer et utiliser un modèle objet à partir une bases de données avec Class::DBI.
- Manipuler des données NGS avec samtools et Bio::DB::Sam.

 

Plus d’informations et inscriptions sur le site de la formation continue de Rennes 1

Introduction au langage Perl

Lieu : IRISA

Dates : du 20 mars au 22 mars 2012

Intervenant : Fabrice Legeai

 

Objectifs :

Acquérir les notions de base de PERL pour développer des outils nécessaires à l’analyse et à l’automatisation de l’analyse des données biologiques.

Programme :

  •  Les bases de PERL.
  • Les expressions régulières.
  •  Les références.
  • Les fonctions.
  •  Bases de données et CGI.
  •  Les modules Perl.

 

Ce cours est suivi, pour ceux qui le souhaitent, par une session d’approfondissement.

Plus d’informations et inscriptions sur le site de la formation continue de Rennes 1