Analyses de données d’expression « Omiques » : cas des Microarray & RNAseq

Lieu : Agrocampus Ouest
Dates : Janvier –février 2014
Intervenant : Sandrine Laggarigue, Frédéric Lecerf, David Causeur, Pascal Martin, Pierre-François Roux, Magalie Houée, François Moreews, Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud, Olivier Quénez

Plus d’informations : formco@agrocampus-ouest.fr

Objectifs 

Agrocampus Ouest Rennes en lien avec la plateforme Bioinformatique GenOuest de Rennes propose une formation complète centrée sur l’analyse de données d’expression haut débit (microarray et RNAseq) incluant les traitements bioinformatiques (spécifiques au RNAseq), les traitement statistiques (cas des microarrays et RNAseq) et l’interprétation biologique de liste de gènes d’intérêt. Cette formation qui a lieu tous les ans à Rennes a pour objectif de vous donner les éléments théoriques et pratiques vous permettant d’être autonome dans l’analyse de vos données. Le contenu a été défini par différents scientifiques affiliés à Agrocampus Ouest, la plateforme Bioinfomatique GenOuest, l’INRA dont l’équipe SIGENAE de l’INRA.
Pour tout renseignement s’adresser à : formco@agrocampus-ouest.fr

Programme prévisionnel et pré-requis

A1-Initiation à Unix : Initiation à Unix et accès à des serveurs distants 1 jour
Ce module vise à vous initier aux commandes de base qui sont indispensables pour la manipulation de gros fichiers générés par les nouvelles technologies haut débit de séquençage. Seront également introduites les commandes permettant d’accéder à un serveur distant où se trouvent généralement vos données d’intérêt.

A2- RNA-seq : Traitement de données de séquences RNAseq : théorie et pratique 1 jour
(pré-requis : A1)
Ce module est centré sur le traitement de données de séquençage de type RNAseq (en particulier issues des plateformes Illumina). Ce module comprendra un exposé théorique sur le RNAseq avec des demonstrations pratiques. Vous vous familiariserez ainsi avec les différents types de formats générés lors des différentes étapes de traitement de ces données et mettrez en œuvre ces dernières sur un jeu de données réel : exploration de la qualité des données, alignement contre un génome, découverte de gènes et nouveaux transcripts, quantification de l’expression, visualisation par IGV.
Ce module se situe en amont du « Analyse de données omiques »

A3-Galaxy : Traitement de données de sequence par galaxy 1 jour
(pré-requis : A2)
Ce module, complémentaire du précédent, vise à vous présenter l’environnement « galaxy » convivial d’utilisation et à vous accompagner dans sa prise en main. Ce module comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques complété par quelques applications sur la manipulation de données de régions génomiques et sur l’analyse de jeux de données de type NGS (détection de SNP, analyse de données RNA-seq et ChIp-seq).
Ce module se situe en amont des modules « initiation à R » et « Analyse statistique de données omiques »

B1- Initiation à R 1 jour
Présentations et manipulations des objets et fonctions de R les plus courants et les plus utiles dans le cadre de l’analyse de données omiques : objets de type vecteur, data-frame et liste ; Pré-fonctions de type Apply ; création de fonctions,…

B2- Analyse statistique de données Omiques 3 jours
(prérequis : B1)
1- Pré-traitement des données Microarray (théorie et TD):
2- Quels sont les gènes différentiellement « exprimés » entre conditions analysées ?
théorie : les tests d’hypothèse et tests multiples
TD : calcul de la puissance d’un test, analyse de variance classique et eBAYES, correction des pvalues pour la prise en compte des tests multiples
3- Y-a-t-il des groupes de gènes ou d’individus présentant des profils similaires ? (Théorie et TD):
TD : la classification ascendante hiérarchique, les kmeans et l’Analyse en composantes principales (ACP)

B3- Interprétation biologique d’une liste de gènes d’intérêt (différentiellement exprimés) 1 jour
(prérequis : B1)
- quels types d’annotations fonctionnelles utilisées – comment se les procurer ?
- intrepretation biologique : « test d’enrichissement » et Méthode GSEA

C1- Réseaux géniques 1 jour
(prérequis : B1)
1- Méthodes utilisant les corrélations brutes dont le packgage WGCNA (relevance Networks)
2- Méthodes utilisant les corrélations partielles (Graphical Gaussian models)
3- Outils de visualisation graphique de réseaux géniques

Durée

9 jours

 

Plus d’informations sur le site de la formation continue d’ Agrocampus Ouest.

Initiation à la plateforme web GALAXY : L’analyse de données biologiques pour tous !

Lieu : IRISA
Dates : en fonction des demandes
Intervenant : Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud

Inscription

Lien vers le formulaire d’inscription

Présentation

L’analyse des données biologiques nécessite de plus en plus l’utilisation de ressources et d’environnements informatiques difficiles à maîtriser pour le biologiste.
Cette formation présente et décompose l’utilisation de l’environnement Galaxy.
En se basant sur une plateforme web, comme c’est la cas avec Mobyle, cet environnement propose une nouvelle approche pour rendre l’analyse biologique plus aisée pour les non- informaticiens.

Objectifs 

Prise en main de l’environnement Galaxy et des différentes fonctionnalités proposées.

Organisation pédagogique 

La formation comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques complété par une rapide application sur la manipulation de données de régions génomiques.

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes et bio-informaticiens possédant des compétences en développement bio-informatique souhaitant intégrer des outils dans le portail web Galaxy.

Pré-requis

Aucun.

Durée

2h30

 

Perl avancé : Perl Objet et BioPerl

Lieu : IRISA
Dates : du 27 au 29 mars 2012
Intervenant : Fabrice Legeai

Objectifs 

Maîtriser les notions avancées de PERL pour le développement d’applications en bioinformatique.

Pré-requis

Connaissance de Perl ou avoir suivi le module « Introduction à Perl« .

Programme

Rappels de quelques notions indispensables: référence, hachage, modules.
- Notions de programmation orientée objet.
- PERL objet.
- BioPERL.
- Générer et utiliser un modèle objet à partir une bases de données avec Class::DBI.
- Manipuler des données NGS avec samtools et Bio::DB::Sam.

 

Plus d’informations et inscriptions sur le site de la formation continue de Rennes 1

Introduction au langage Perl

Lieu : IRISA

Dates : du 20 mars au 22 mars 2012

Intervenant : Fabrice Legeai

 

Objectifs :

Acquérir les notions de base de PERL pour développer des outils nécessaires à l’analyse et à l’automatisation de l’analyse des données biologiques.

Programme :

  •  Les bases de PERL.
  • Les expressions régulières.
  •  Les références.
  • Les fonctions.
  •  Bases de données et CGI.
  •  Les modules Perl.

 

Ce cours est suivi, pour ceux qui le souhaitent, par une session d’approfondissement.

Plus d’informations et inscriptions sur le site de la formation continue de Rennes 1