Perl avancé : Perl Objet et BioPerl

Lieu : IRISA
Dates : du 27 au 29 mars 2012
Intervenant : Fabrice Legeai

Objectifs 

Maîtriser les notions avancées de PERL pour le développement d’applications en bioinformatique.

Pré-requis

Connaissance de Perl ou avoir suivi le module « Introduction à Perl« .

Programme

Rappels de quelques notions indispensables: référence, hachage, modules.
- Notions de programmation orientée objet.
- PERL objet.
- BioPERL.
- Générer et utiliser un modèle objet à partir une bases de données avec Class::DBI.
- Manipuler des données NGS avec samtools et Bio::DB::Sam.

 

Plus d’informations et inscriptions sur le site de la formation continue de Rennes 1

Introduction au langage Perl

Lieu : IRISA

Dates : du 20 mars au 22 mars 2012

Intervenant : Fabrice Legeai

 

Objectifs :

Acquérir les notions de base de PERL pour développer des outils nécessaires à l’analyse et à l’automatisation de l’analyse des données biologiques.

Programme :

  •  Les bases de PERL.
  • Les expressions régulières.
  •  Les références.
  • Les fonctions.
  •  Bases de données et CGI.
  •  Les modules Perl.

 

Ce cours est suivi, pour ceux qui le souhaitent, par une session d’approfondissement.

Plus d’informations et inscriptions sur le site de la formation continue de Rennes 1