Initiation à la programmation en Python

Lieu : IRISA
Dates : à déterminer
Intervenant : Cyril Monjeaud, Thomas Darde

Inscription

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Présentation

L’analyse des données biologiques nécessite de plus en plus l’utilisation de ressources et d’environnements informatiques difficiles à maitriser pour le biologiste.
Cette formation introduit l’utilisation d’un langage de programmation, Python.

Objectifs 

Vision introductive de la programmation en python. Ce module introductif d’une journée doit permettre aux stagiaires d’identifier si oui ou non il est adéquate de poursuivre vers un perfectionnement.

Organisation pédagogique 

La formation comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques complété par quelques rapide applications.

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes souhaitant aborder les notions de bases de programmation en Python.

Pré-requis

Aucun.

Durée

1 journée

 

Initiation à la programmation en Perl

Lieu : IRISA
Dates : à déterminer
Intervenant : Claudia Heriveau, Fabrice Legeai

Inscription

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Présentation

L’analyse des données biologiques nécessite de plus en plus l’utilisation de ressources et d’environnements informatiques difficiles à maitriser pour le biologiste.
Cette formation introduit l’utilisation d’un langage de programmation, Perl.

Objectifs 

Vision introductive de la programmation en Perl. Ce module introductif d’une journée doit permettre aux stagiaires d’identifier si oui ou non il est adéquate de poursuivre vers un perfectionnement.

Organisation pédagogique 

La formation comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques complété par quelques rapide applications.

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes souhaitant aborder les notions de bases de programmation en Perl.

Pré-requis

Aucun.

Durée

1 journée

 

HUBzero : Plateforme web open-source de collaboration scientifique

Lieu : IRISA
Dates : en fonction des demandes
Intervenant : Yvan Le Bras

Inscription

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Présentation

Les projets de recherche sont de plus en plus multi-disciplinaires et multi-site. Afin de faciliter la gestion de groupe, la gestion de projet et le partage de ressources, de nombreux outils généraux ou dédiés entreprise existent. HUBzero représente la meilleure solution open-source et dédiée science. Nous proposons de vous présenter son fonctionnement global à travers une démonstration interactive.
Objectifs 

Prise en main de l’environnement HUBzero et des différentes fonctionnalités proposées.

Organisation pédagogique 

La formation est exclusivement orientée démonstration!

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes souhaitant s’initier à l’utilisation d’HUBzero pour la gestion de groupes et de projets et le partage de ressources.

Pré-requis

Aucun.

Durée

2h

 

Analyse de données RNAseq sous Galaxy

Lieu : IRISA
Dates : en fonction des demandes
Intervenant : Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud

Inscription

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Présentation

L’analyse des données biologiques nécessite de plus en plus l’utilisation de ressources et d’environnements informatiques difficiles à maîtriser pour le biologiste.
Cette formation présente et décompose l’utilisation de l’environnement Galaxy.
En se basant sur une plateforme web, comme c’est la cas avec Mobyle, cet environnement propose une nouvelle approche pour rendre l’analyse biologique plus aisée pour les non- informaticiens.

Objectifs 

Prise en main de l’environnement Galaxy et des différentes fonctionnalités proposées.

Organisation pédagogique 

La formation est exclusivement orientée pratique! Il s’agir d’utiliser des données de RNAseq fournies par l’UMR 0598 Agrocampus-Ouest / INRA pour utiliser les outils classiques d’analyse de données RNAseq (Tophat, flagstat, Cufflinks, Cuffcompare, Cuffdiff, ou htseq-count, Deseq…)

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes souhaitant s’initier à l’analyse de données RNAseq.

Pré-requis

Aucun.

Durée

1 journée incluant 3h d’initiation à Galaxy

 

Initiation à la plateforme web GALAXY session 11

Lieu : IRISA
Dates : 5 novembre 2014
Intervenant : Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud

Inscription

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Présentation

L’analyse des données biologiques nécessite de plus en plus l’utilisation de ressources et d’environnements informatiques difficiles à maîtriser pour le biologiste.
Cette formation présente et décompose l’utilisation de l’environnement Galaxy.
En se basant sur une plateforme web, comme c’est la cas avec Mobyle, cet environnement propose une nouvelle approche pour rendre l’analyse biologique plus aisée pour les non- informaticiens.

Objectifs 

Prise en main de l’environnement Galaxy et des différentes fonctionnalités proposées.

Organisation pédagogique 

La formation comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques complété par une rapide application sur la manipulation de données de régions génomiques.

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes et bio-informaticiens possédant des compétences en développement bio-informatique souhaitant intégrer des outils dans le portail web Galaxy.

Pré-requis

Aucun.

Durée

3h

 

Programme :

9h15-11h30
0/ Initiation à la plateforme Galaxy

Intégration d’outils dans la plateforme web GALAXY session 3

Lieu : IRISA
Dates : 7 mai 2015
Intervenant : Cyril Monjeaud, Yvan Le Bras

Inscription

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Présentation

L’analyse des données biologiques nécessite de plus en plus l’utilisation de ressources et d’environnements informatiques difficiles à maîtriser pour le biologiste.
Cette formation présente l’intégration d’outils dans l’environnement Galaxy via quelques exemples.

Objectifs 

Principe de l’intégration d’outils sous Galaxy, écriture de descripteurs xml et de wrappers python.

Organisation pédagogique 

La formation comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques.

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes et bio-informaticiens possédant des compétences en développement bio-informatique souhaitant intégrer des outils dans le portail web Galaxy.

Pré-requis

Connaissance en langage de programmation (Bash, Python, Perl).

Durée

6h30

Le programme provisoire :

9h30-12h30
- L’arborescence du serveur Galaxy
- L’ajout d’outil dans Galaxy
- Les descripteurs et la syntaxe
- TP0 : L’environnement de travail
- TP1 -> 5 : Intégration d’outils “simples”

Miam miam : Sandwich à la cafétéria de l’INRIA à la charge des participants

13h30-17h30
- TP1 -> 5 : Intégration d’outils “simples” suite
- TP6 : Intégration d’un outil “complexe”
- A confirmer Présentation du système de gestion des banques (intervenant : Anthony Brétaudeau)
- A confirmer TP10 : Intégration d’un outil utilisant des banques (intervenant : Anthony Brétaudeau)
- Présentation du toolshed
- TP7 : Bonus si vous êtes tous trop bon et très rapide Déploiement d’un toolshed
- TP8 : Bonus si vous êtes tous trop bon et très rapide Intégration d’un outil dans un toolshed
- TP9 : Bonus si vous êtes tous trop bon et très rapide Intégration d’un outil avec des dépendances

 

Initiation à l’analyse de données RAD par Stacks sous Galaxy session 1

Lieu : IRISA
Dates : 25 septembre 2014
Intervenant : Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud

Inscription

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Présentation

Cette formation initie l’utilisation de Stacks dans l’environnement Galaxy.
En se basant sur une plateforme web, comme c’est la cas avec Mobyle, nous proposons une nouvelle utilisation de Stacks pour rendre l’analyse biologique plus aisée pour les non- informaticiens.

Objectifs 

Principe de l’analyse de données RAD-seq via Stacks.

Organisation pédagogique 

La formation comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques.

Le programme provisoire :

Une initiation à la plateforme web Galaxy sera proposée de 9h15 à 11h15

11h30-12h30
1/ Présentation théorique du RAD et fonctionnement global de Stacks

Miam miam : Sandwich à la cafétéria de l’INRIA à la charge des participants

13h30-17h30
2/ Analyse de données RAD avec Stacks sous Galaxy
a) cartographie génétique
b) assemblage de données pairées
c) génomique des populations

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes et bio-informaticiens souhaitant analyser des données de type RAD-seq dans le portail web Galaxy.

Pré-requis

Connaissance de la plateforme Galaxy. Le module « Initiation à la plateforme web d’analyse de données GALAXY : L’analyse de données biologiques pour tous! » peut être dispensée en amont.

Durée

5h00

 

Initiation à l’analyse de données de type RAD par le pipeline Stacks sous la plateforme web d’analyse de données Galaxy

Lieu : IRISA
Dates : en fonction des demandes
Intervenant : Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud

Inscription

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Présentation

Cette formation initie l’utilisation de Stacks dans l’environnement Galaxy.
En se basant sur une plateforme web, comme c’est la cas avec Mobyle, nous proposons une nouvelle utilisation de Stacks pour rendre l’analyse biologique plus aisée pour les non- informaticiens.

Objectifs 

Principe de l’analyse de données RAD-seq via Stacks.

Organisation pédagogique 

La formation comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques.

Le programme :
1/ Présentation théorique du fonctionnement global de Stacks. Compter 1h
2/ Analyse de données RAD avec Stacks sous Galaxy. 3h
a) cartographie génétique
b) génomique des populations
c) assemblage de données pairées

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes et bio-informaticiens souhaitant analyser des données de type RAD-seq dans le portail web Galaxy.

Pré-requis

Connaissance de la plateforme Galaxy. Le module « Initiation à la plateforme web d’analyse de données GALAXY : L’analyse de données biologiques pour tous! » peut être dispensée en amont.

Durée

4h00

 

Intégration d’outils dans la plateforme web GALAXY !

Lieu : IRISA
Dates : en fonction des demandes
Intervenant : Cyril Monjeaud, Yvan Le Bras

Inscription

Lien vers le formulaire d’inscription

Présentation

L’analyse des données biologiques nécessite de plus en plus l’utilisation de ressources et d’environnements informatiques difficiles à maîtriser pour le biologiste.
Cette formation présente l’intégration d’outils dans l’environnement Galaxy via quelques exemples.

Objectifs 

Principe de l’intégration d’outils sous Galaxy, écriture de descripteurs xml et de wrappers python.

Organisation pédagogique 

La formation comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques.

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes et bio-informaticiens possédant des compétences en développement bio-informatique souhaitant intégrer des outils dans le portail web Galaxy.

Pré-requis

Connaissance en langage de programmation (Bash, Python, Perl).

Durée

6h30

Le programme provisoire :

10h-12h30
- Présentation du toolshed
- L’arborescence du serveur Galaxy
- Exemple de l’outil LOGOL
-La syntaxe des descripteurs
-Préparation de l’environnement

Miam miam : Sandwich à la cafétéria de l’INRIA à la charge des participants

13h30-17h30
-Les différentes étapes pour l’intégration (exemple de l’outil discoSNP
-Intégration d’un outil simple
-Intégration d’un outil moins simple voire plus compliqué

 

Initiation à la Bio-informatique

Lieu : IRISA
Dates : 7 – 9 Octobre 2013
Contact : Olivier Collin

Présentation

Trois jours de formations dédiés à la découverte de la Bio-informatique, ses environnements et ses outils. Ces 3 jours se déroule autours de 6 modules:

-Introduction à la Bio-informatique (Intervenants : Olivier Collin, Yvan Le Bras)

Format : présentation

-Ressources et banques de données internationales (Intervenants : Frédéric Lecerf, Yvan Le Bras)

Format : présentation

-Comparaison et alignement de séquences (Intervenants : Frédérique Hubler, Yvan Le Bras)

Format : présentation

-Accéder au calcul haute performance: Linux et SGE (Intervenants : Olivier Collin, Aurélien Roult, Yvan Le Bras)

Format : présentation et TP

-Une première boîte à outils orientée séquence : la suite EMBOSS (Intervenants : Olivier Collin, Yvan Le Bras)

Format : présentation et TP

-Analyse de données via une plateforme web : Galaxy by GenOuest (Intervenants : Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud)

Format : présentation et TP

Objectifs 

Se familiariser avec les environnements de la bio-info et acquérir une vision plus globale de cette discipline transversale.

Public visé

Toute personne qui maîtrise les concepts de base de la biologie moléculaire ou impliquée dans des projets de séquençage ou de génomique.

Durée

trois jours