Initiation à l’environnement EMME : du format ISA-Tab et de sa suite logicielle à l’analyse via Galaxy !

Lieu : IRISA
Dates : en fonction des demandes
Intervenant : Cyril Monjeaud, Yvan Le Bras

Inscription

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Présentation

Depuis quelques années, le volume et la diversité de données issues de technologies biologiques ont fortement augmenté.
Cette formation a pour objectif de présenter les outils développés par le groupe ISA pour la prise en charge des métadonnées expérimentales ainsi que les différents outils proposés par le portail EMME.

Objectifs 

Prise en main de l’environnement EMME et des différentes fonctionnalités proposées, en particulier le format ISA-Tab et sa suite logicielle.

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes et bio-informaticiens souhaitant utiliser l’environnement EMME pour la gestion de leurs métadonnées, de leurs données et de leurs analyses.

Pré-requis

Posséder un compte sur GenOuest.

Durée

une journée

 

Analyses de données d’expression « Omiques » : cas des Microarray & RNAseq

Lieu : Agrocampus Ouest
Dates : Janvier –février 2014
Intervenant : Sandrine Laggarigue, Frédéric Lecerf, David Causeur, Pascal Martin, Pierre-François Roux, Magalie Houée, François Moreews, Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud, Olivier Quénez

Plus d’informations : formco@agrocampus-ouest.fr

Objectifs 

Agrocampus Ouest Rennes en lien avec la plateforme Bioinformatique GenOuest de Rennes propose une formation complète centrée sur l’analyse de données d’expression haut débit (microarray et RNAseq) incluant les traitements bioinformatiques (spécifiques au RNAseq), les traitement statistiques (cas des microarrays et RNAseq) et l’interprétation biologique de liste de gènes d’intérêt. Cette formation qui a lieu tous les ans à Rennes a pour objectif de vous donner les éléments théoriques et pratiques vous permettant d’être autonome dans l’analyse de vos données. Le contenu a été défini par différents scientifiques affiliés à Agrocampus Ouest, la plateforme Bioinfomatique GenOuest, l’INRA dont l’équipe SIGENAE de l’INRA.
Pour tout renseignement s’adresser à : formco@agrocampus-ouest.fr

Programme prévisionnel et pré-requis

A1-Initiation à Unix : Initiation à Unix et accès à des serveurs distants 1 jour
Ce module vise à vous initier aux commandes de base qui sont indispensables pour la manipulation de gros fichiers générés par les nouvelles technologies haut débit de séquençage. Seront également introduites les commandes permettant d’accéder à un serveur distant où se trouvent généralement vos données d’intérêt.

A2- RNA-seq : Traitement de données de séquences RNAseq : théorie et pratique 1 jour
(pré-requis : A1)
Ce module est centré sur le traitement de données de séquençage de type RNAseq (en particulier issues des plateformes Illumina). Ce module comprendra un exposé théorique sur le RNAseq avec des demonstrations pratiques. Vous vous familiariserez ainsi avec les différents types de formats générés lors des différentes étapes de traitement de ces données et mettrez en œuvre ces dernières sur un jeu de données réel : exploration de la qualité des données, alignement contre un génome, découverte de gènes et nouveaux transcripts, quantification de l’expression, visualisation par IGV.
Ce module se situe en amont du « Analyse de données omiques »

A3-Galaxy : Traitement de données de sequence par galaxy 1 jour
(pré-requis : A2)
Ce module, complémentaire du précédent, vise à vous présenter l’environnement « galaxy » convivial d’utilisation et à vous accompagner dans sa prise en main. Ce module comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques complété par quelques applications sur la manipulation de données de régions génomiques et sur l’analyse de jeux de données de type NGS (détection de SNP, analyse de données RNA-seq et ChIp-seq).
Ce module se situe en amont des modules « initiation à R » et « Analyse statistique de données omiques »

B1- Initiation à R 1 jour
Présentations et manipulations des objets et fonctions de R les plus courants et les plus utiles dans le cadre de l’analyse de données omiques : objets de type vecteur, data-frame et liste ; Pré-fonctions de type Apply ; création de fonctions,…

B2- Analyse statistique de données Omiques 3 jours
(prérequis : B1)
1- Pré-traitement des données Microarray (théorie et TD):
2- Quels sont les gènes différentiellement « exprimés » entre conditions analysées ?
théorie : les tests d’hypothèse et tests multiples
TD : calcul de la puissance d’un test, analyse de variance classique et eBAYES, correction des pvalues pour la prise en compte des tests multiples
3- Y-a-t-il des groupes de gènes ou d’individus présentant des profils similaires ? (Théorie et TD):
TD : la classification ascendante hiérarchique, les kmeans et l’Analyse en composantes principales (ACP)

B3- Interprétation biologique d’une liste de gènes d’intérêt (différentiellement exprimés) 1 jour
(prérequis : B1)
- quels types d’annotations fonctionnelles utilisées – comment se les procurer ?
- intrepretation biologique : « test d’enrichissement » et Méthode GSEA

C1- Réseaux géniques 1 jour
(prérequis : B1)
1- Méthodes utilisant les corrélations brutes dont le packgage WGCNA (relevance Networks)
2- Méthodes utilisant les corrélations partielles (Graphical Gaussian models)
3- Outils de visualisation graphique de réseaux géniques

Durée

9 jours

 

Plus d’informations sur le site de la formation continue d’ Agrocampus Ouest.