Initiation à l’analyse de données RAD par Stacks sous Galaxy session 1

Lieu : IRISA
Dates : 25 septembre 2014
Intervenant : Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud

Inscription

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Présentation

Cette formation initie l’utilisation de Stacks dans l’environnement Galaxy.
En se basant sur une plateforme web, comme c’est la cas avec Mobyle, nous proposons une nouvelle utilisation de Stacks pour rendre l’analyse biologique plus aisée pour les non- informaticiens.

Objectifs 

Principe de l’analyse de données RAD-seq via Stacks.

Organisation pédagogique 

La formation comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques.

Le programme provisoire :

Une initiation à la plateforme web Galaxy sera proposée de 9h15 à 11h15

11h30-12h30
1/ Présentation théorique du RAD et fonctionnement global de Stacks

Miam miam : Sandwich à la cafétéria de l’INRIA à la charge des participants

13h30-17h30
2/ Analyse de données RAD avec Stacks sous Galaxy
a) cartographie génétique
b) assemblage de données pairées
c) génomique des populations

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes et bio-informaticiens souhaitant analyser des données de type RAD-seq dans le portail web Galaxy.

Pré-requis

Connaissance de la plateforme Galaxy. Le module « Initiation à la plateforme web d’analyse de données GALAXY : L’analyse de données biologiques pour tous! » peut être dispensée en amont.

Durée

5h00

 

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