Intégration d’outils dans la plateforme web GALAXY session 3

Lieu : IRISA
Dates : 7 mai 2015
Intervenant : Cyril Monjeaud, Yvan Le Bras

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Présentation

L’analyse des données biologiques nécessite de plus en plus l’utilisation de ressources et d’environnements informatiques difficiles à maîtriser pour le biologiste.
Cette formation présente l’intégration d’outils dans l’environnement Galaxy via quelques exemples.

Objectifs 

Principe de l’intégration d’outils sous Galaxy, écriture de descripteurs xml et de wrappers python.

Organisation pédagogique 

La formation comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques.

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes et bio-informaticiens possédant des compétences en développement bio-informatique souhaitant intégrer des outils dans le portail web Galaxy.

Pré-requis

Connaissance en langage de programmation (Bash, Python, Perl).

Durée

6h30

Le programme provisoire :

9h30-12h30
- L’arborescence du serveur Galaxy
- L’ajout d’outil dans Galaxy
- Les descripteurs et la syntaxe
- TP0 : L’environnement de travail
- TP1 -> 5 : Intégration d’outils “simples”

Miam miam : Sandwich à la cafétéria de l’INRIA à la charge des participants

13h30-17h30
- TP1 -> 5 : Intégration d’outils “simples” suite
- TP6 : Intégration d’un outil “complexe”
- A confirmer Présentation du système de gestion des banques (intervenant : Anthony Brétaudeau)
- A confirmer TP10 : Intégration d’un outil utilisant des banques (intervenant : Anthony Brétaudeau)
- Présentation du toolshed
- TP7 : Bonus si vous êtes tous trop bon et très rapide Déploiement d’un toolshed
- TP8 : Bonus si vous êtes tous trop bon et très rapide Intégration d’un outil dans un toolshed
- TP9 : Bonus si vous êtes tous trop bon et très rapide Intégration d’un outil avec des dépendances

 

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