Intégration d’outils dans la plateforme web GALAXY !

Lieu : IRISA
Dates : en fonction des demandes
Intervenant : Cyril Monjeaud, Yvan Le Bras

Inscription

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Présentation

L’analyse des données biologiques nécessite de plus en plus l’utilisation de ressources et d’environnements informatiques difficiles à maîtriser pour le biologiste.
Cette formation présente l’intégration d’outils dans l’environnement Galaxy via quelques exemples.

Objectifs 

Principe de l’intégration d’outils sous Galaxy, écriture de descripteurs xml et de wrappers python.

Organisation pédagogique 

La formation comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques.

Public visé

Chercheurs et ingénieurs, biologistes et bio-informaticiens possédant des compétences en développement bio-informatique souhaitant intégrer des outils dans le portail web Galaxy.

Pré-requis

Connaissance en langage de programmation (Bash, Python, Perl).

Durée

6h30

Le programme provisoire :

10h-12h30
- Présentation du toolshed
- L’arborescence du serveur Galaxy
- Exemple de l’outil LOGOL
-La syntaxe des descripteurs
-Préparation de l’environnement

Miam miam : Sandwich à la cafétéria de l’INRIA à la charge des participants

13h30-17h30
-Les différentes étapes pour l’intégration (exemple de l’outil discoSNP
-Intégration d’un outil simple
-Intégration d’un outil moins simple voire plus compliqué

 

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